Au milieu de la vie frénétique de Tokyo, la créatrice d'un personnage à la mode (le chien Maromi) est agressée devant chez elle par un jeune garçon portant une casquette, des rollers et une batte de base-ball dorés.

Deux inspecteurs de police, l'un jeune et enthousiaste, son aîné plus blasé, mènent leur enquête pendant que de nouvelles agressions ont lieu, toujours par celui que l'on nomme "le jeune homme à la batte". Alors que les victimes ne semblent posséder aucun lien entre elles, la paranoïa s'installe au sein de la population de la capitale...

Dans un futur très proche, un groupe de brillants scientifiques ont créé une machine capable de contrôler nos rêves. Mais cette merveille technologique a été dérobée. Pour éviter le chaos et sauver l'humanité, Paprika doit découvrir qui sont les coupables et empêcher ces terroristes du rêve de contrôler nos esprits.