Il y a 800 ans, l’humanité était sur le point de disparaître, menacée par de terribles démons. Mais des divinités appelées les Idaten sont apparues et ont vaincu ces créatures après une lutte acharnée. Aujourd’hui, cette bataille est si loin qu’on l'évoque comme un mythe ou une légende. La nouvelle génération d’Idaten n’a jamais eu à se battre et profite d’une vie tranquille. Mais les démons viennent de se réveiller...

Se réveillant dans l’au-delà sans le moindre souvenir de sa vie antérieure, un adolescent rencontre un groupe de lycéens qui luttent contre un système qui semble vouloir les faire disparaître. Persuadés que la réincarnation efface leur existence, leur opposition se cristallise autour de l’« Ange », une élève représentant l’ordre établi. Tandis que le jeune garçon tente de comprendre les règles de ce monde, il se retrouve progressivement confronté aux blessures que ses nouveaux camarades essaient de dissimuler.

En l'an 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde.

Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact.

Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde piloté comme une simple mécanique, mais en réalité créature bien mystérieuse.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis 10 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…