La période Edo touche à sa fin. Gabimaru, alias Le Vide, le plus célèbre et puissant des ninjas-assassins d'Iwagakure, croupit en prison et attend sa condamnation à mort. Il apprend pourtant qu'il sera acquitté et libéré s'il peut rapporter un élixir d’immortalité situé sur une île. Dans l'espoir de retrouver sa bien-aimée, Gabimaru s’y rend avec son bourreau, Yamada Asaemon Sagiri. À leur arrivée, ils rencontrent d'autres condamnés à mort recherchant également l'élixir, ainsi qu'une foule de créatures inconnues…

Bien qu’elle soit une jeune fille-chat fougueuse, Fran, orpheline, mène une vie de labeur depuis qu’elle a été réduite en esclavage. Pensant que ses derniers jours sont arrivés à la suite d’une attaque d’un monstre, son chemin croise alors celui d’une mystérieuse épée qui lui permet d’abattre son adversaire. Il s’avère que celle-ci était auparavant un jeune homme qui, à la suite d’un tragique accident de voiture, s’est réincarné dans un nouveau monde. Liés désormais par un pacte, nos deux héros sont fin prêts à se frayer un chemin vers la liberté et à vivre une vie d’aventure !

Sur les traces du meurtrier de son père, Ryûko Matoi, 17 ans, arrive dans une ville dominée par l’académie Honnôji, un institut d’élite placé sous le joug de Satsuki Kiryûin, présidente du conseil des élèves. La jeune fille découvre un système méritocratique, où les uniformes Goku, dotés de pouvoirs surnaturels, assurent à leurs porteurs une domination absolue. Transférée dans cet établissement et armée du « Scissor Blade » et vêtue de Senketsu, son uniforme aux pouvoirs sanguinaires, Ryûko s’érige en tant qu’unique opposante à ce régime tyrannique. Perçue désormais comme une menace par la direction, elle décide de défier Satsuki, dans l’espoir de faire la lumière sur les événements passés.

Keare est un jeune paysan propulsé héros guérisseur suite à l'apparition d'une marque sur sa main. Malheureusement pour lui le voilà exploité horriblement par ses compagnons héros et par le royaume ; drogué, humilié, et violé constamment, Keare est un être brisé ne souhaitant que la vengeance. Cette chance lui est offerte lorsqu'il comprend que son pouvoir de guérison lui permet en réalité de contrôler les états des éléments (pouvant ainsi faire réapparaître un membre coupé ou pourrir instantanément un corps). Bien décidé à se venger et utilisant ses pouvoirs à son maximum il « rétablit » le monde et le propulse quatre ans en arrière (annulant tous les événements menant à sa déchéance) le jour exact où tout à commencer. Cette fois, Keare compte bien faire payer à tous ceux qui l'ont privé de sa vie.

Au pays de Clow, la princesse Sakura, amoureuse du jeune Shaolan, succombe à un mal mystérieux qui brise son âme en mille éclats, éparpillés dans de multiples mondes parallèles. La vie de Sakura dépend désormais de Shaolan. Afin de la sauver, ce dernier pactise avec la mystérieuse Yuko, qui pourrait bien l'aider à retrouver les éclats d'âme…

Entre loyer impayé, emplois perdus et dépendance à la cigarette, Yani la fille-chatte doit repenser son avenir sous la pression de ses proches.