Nous sommes dans un futur proche. Après avoir raté ses examens, Tsukasa Mizugaki, 18 ans, trouve un poste dans la prestigieuse SAI Corporation, grâce aux relations de son père. Cette société est spécialisée dans la production de Giftia, des androïdes très perfectionnés ayant des réactions proches des émotions humaines. Le travail de Tsukasa n'est cependant pas très gratifiant, puisqu'il consiste à récupérer les modèles arrivant en fin de vie.

Tout se déroule en 1999 dans une école privée japonaise assez réputée mais hantée par des phénomènes plus étranges les uns que les autres. Suite au décès de son père, Maya,la jeune fille du principale intègre cette école en question. L'histoire se poursuis donc par l'apparition soudaine d'un jeune homme très étrange nommé Uchida qui ce dernier à remonté le temps à partir de 2012.