Trois lycéennes, Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki et Fû Hououji, se rencontrent pour la première fois lorsqu’un événement mystique vient bouleverser leur réalité. Une voix féminine, accompagnée d’un flash de lumière, les implore de sauver le Royaume de Cefiro, menacé par une force obscure. Propulsées dans un monde fantastique, elles découvrent qu’elles sont les légendaires « Magic Knights », invoquées par la princesse Émeraude afin de restaurer la paix et l’harmonie à Cefiro.

Guidées par Clef, un mystérieux mentor, elles apprennent qu’elles ne pourront rentrer chez elles qu’après avoir accompli leur destinée. Pour y parvenir, elles doivent libérer la princesse Émeraude des griffes du redoutable grand prêtre Zagato et affronter les créatures maléfiques qui envahissent le royaume. Coincées, Hikaru, Umi et Fû acceptent la mission qui leur est confiée et reçoivent chacune une armure ainsi que des pouvoirs magiques pour mener à bien cette périlleuse quête…

Au pays de Clow, la princesse Sakura, amoureuse du jeune Shaolan, succombe à un mal mystérieux qui brise son âme en mille éclats, éparpillés dans de multiples mondes parallèles. La vie de Sakura dépend désormais de Shaolan. Afin de la sauver, ce dernier pactise avec la mystérieuse Yuko, qui pourrait bien l'aider à retrouver les éclats d'âme…