Cinq prodiges du basket se séparent à la fin du collège. À présent, c'est au tour de Tetsuya Kuroko et de l'équipe du lycée Seirin de rentrer dans la légende.

L’histoire se déroule à Asakusa. Kazuki Yasaka, Toi Kuji et Enta Jinnai, tous trois en 5e, font un beau jour la rencontre de Keppi, un être mystérieux à l’apparence de kappa. Ce dernier leur subtilise leur shirikodama, une boule mystique logée dans l’anus, et ils se transforment en kappa eux-mêmes. Keppi leur déclare que pour retrouver leur apparence initiale, ils devront lui rapporter le shirikodama d’un zombie. Y parviendront-ils ? Au même moment, au poste de police où travaillent Reo Niiboshi et Mabu Akutsu, quelque chose est sur le point de se produire...

Nous sommes le 12 août. Après que la télécommande de son unique climatiseur a été détruite par inadvertance, "Je" élabore un plan pour retourner dans le passé de 24 heures avec une machine à remonter le temps, afin de récupérer la télécommande avant qu'elle ne se casse. Cependant, son ami Ozu ne peut résister à l'envie de jouer avec les événements passés, même si cela risque de détruire l'univers. "Je" doit se lancer dans une course contre la montre pour éviter la catastrophe.

Yuru, le chasseur, vit séparé de sa sœur jumelle Asa, enfermée dans une prison pour satisfaire un rituel. Tous deux ignorent la vérité sur leur naissance et lorsque leur paisible village est attaqué par de mystérieux ennemis, Yuru découvre qu’il peut commander un puissant duo de créatures appelé « Tsugai ».

Yuri Katsuki portait sur ses épaules tous les espoirs du Japon pour remporter le Grand Prix de patinage artistique, mais il y a subi une écrasante défaite. Il retourne dans sa ville natale et songe alors à prendre sa retraite, malgré une persistante envie de patiner. Un jour, le quintuple champion du monde Viktor Nikiforov, accompagné d’un jeune russe, Yuri Plisetsky, vient le trouver pour qu’il reprenne la compétition…