Le légendaire forgeron Kiki Shikizaki confectionna mille katana durant son existence, mais seulement douze de ceux-ci ont un réel pouvoir. C'est là que nous retrouvons Togame, stratège de l'actuel shogun. Elle reçut pour mission de retrouver ces douze fameux katana et engagea donc des guerriers ainsi que des ninjas. Mais ceux-ci, aveuglés par la puissance des katana, les gardèrent en leurs mains. C'est alors qu'elle décide de s'allier au maître du style de combat sans épée, le Kyotôryû. Mais elle apprend sa mort de la bouche de son fils et seul héritier du style, Shichika Yasuri…

La Terre est dévastée à la suite d'un conflit qui a eu lieu il y plusieurs centaines d'années.

Les pillards et la violence règnent sur le désert du Grand Kanto.

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer.

Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…