À la mort de ses parents, Utena Tenjô se voit offrir une bague ornée d’un sceau en forme de rose par un mystérieux jeune homme. Profondément marquée par cette rencontre, cette dernière, désormais animée par un idéal chevaleresque, décide de se grimer en garçon pour suivre ses traces. Des années plus tard, alors qu’elle intègre l’Académie Ôtori, elle se retrouve mêlée malgré elle à une série de duels énigmatiques où le vainqueur remporte la main d’Anthy, la « Fiancée de la Rose ». Dès lors, Utena découvre l’existence d’une société secrète dont les intentions pourraient bien mener à l’Apocalypse…

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer.

Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…

Le jeune Hikaru découvre un jour dans le grenier de son grand-père un goban (plateau de go). L'objet se révèle hanté par un fantôme nommé Saï, ancien professeur de go de l'empereur sous l'ère Heian. Saï se retrouve piégé dans l'esprit d'Hikaru et lui donne peu à peu le goût du go. Se laissant guider dans ses débuts par Saï, Hikaru rencontre et vainc Akira, un jeune prodige. Dès lors, les deux jeunes garçons ne vont cesser de progresser et de se poursuivre.