L'anime suit l'histoire d'un jeune étudiant anonyme pris dans une boucle temporelle lui faisant revivre ses deux années d'université. À chacune de celles-ci il rejoint un club différent pour tenter de vivre de manière insouciante et de trouver l'amour, sans y arriver…

Takemoto Yuuta, Mayama Takumi et Morita Shinobu sont des étudiants qui partagent le petit appartement. Même s'ils vivent dans la pauvreté, ils sont tous les trois capables d'obtenir du plaisir grâce à de petites choses de la vie. L'histoire suit les histoires de vie de ces personnages en tant que pauvres étudiants, ainsi que leur vie amoureuse lorsqu'une petite mais talentueuse jeune fille de 18 ans appelée Hanamoto Hagumi apparaît.

Gon Freeccs a presque douze ans, et son rêve est de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d’élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. Son père, Jin Freeccs, qu’il ne connaît pas directement, est l’un des plus grands hunters de son temps. C’est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter. Cependant l’examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile et périlleux. On dit qu’un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves et qu’un seul candidat tous les 3 ans devient hunter à sa 1ère tentative. Durant les épreuves, il n’est pas rare d’être blessé, voire tué par des monstres, des pièges ou même d’autres concurrents…

Dans un avenir proche, lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique va commettre un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appellera "Twin X" provoqua un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d'électricité.

Quelques années plus tard, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, vont se retrouver convoiter par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde, la Comptesse de Werdenberg et ses ados aux pouvoirs télékinésiques et le mystérieux Gilgamesh.

Après avoir trouvé un mystérieux carnet, un lycéen japonais découvre qu'il a le pouvoir de tuer les personnes dont il y inscrit le nom.