Rand Peltzer offre à son fils Billy un étrange animal : un mogwai. Son ancien propriétaire l'a bien mis en garde : il ne faut pas l'exposer à la lumière , lui éviter tout contact avec l'eau , et surtout, surtout, ne jamais le nourrir après minuit… Sinon…

Six ans après avoir triomphé des abominables Gremlins, ces petits monstres dévastateurs nés de la fourrure mouillée de Gizmo, une adorable peluche vivante, Billy Peltzer et sa fiancée Kate, installés à New York, ont trouvé du travail dans le gigantesque building qui abrite les bureaux du milliardaire Daniel Clamp. Mais une série d'accidents crée une toute nouvelle génération de Gremlins. La situation s'aggrave lorsque les créatures vertes diaboliques envahissent un laboratoire top secret et développent des pouvoirs génétiquement modifiés, les rendant encore plus difficiles à détruire !