Aux confins de l'espace, la planète Ursinia a explosé. Pour une raison mystérieuse, tous les ours vivant sur Terre se sont subitement mis à attaquer les humains. Pour mettre fin à ce conflit, un mur gigantesque a été élevé afin de séparer les deux espèces. Nous sommes du côté « humain » du mur. Une jeune fille, Kureha Tsubaki, fait la connaissance de Ginko Yurishiro, une nouvelle camarade de classe. Cependant, le sommeil de Kureha est agité d'étranges rêves dans lesquels Ginko se révèle être un ours. Dès lors, elle commence à se méfier de cette nouvelle élève...

À la mort de ses parents, Utena Tenjô se voit offrir une bague ornée d’un sceau en forme de rose par un mystérieux jeune homme. Profondément marquée par cette rencontre, cette dernière, désormais animée par un idéal chevaleresque, décide de se grimer en garçon pour suivre ses traces. Des années plus tard, alors qu’elle intègre l’Académie Ôtori, elle se retrouve mêlée malgré elle à une série de duels énigmatiques où le vainqueur remporte la main d’Anthy, la « Fiancée de la Rose ». Dès lors, Utena découvre l’existence d’une société secrète dont les intentions pourraient bien mener à l’Apocalypse…