Années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous tutelle de l'armée. Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend aux quatre coins du Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village où tombe une étrange « neige noire », il fait la connaissance de Shizuma, un adolescent aux aptitudes mystérieuses. Le jeune homme considère ses dons comme une malédiction et ignore leur véritable potentiel, mais Iwamoto lui révèle alors qu'ils partagent tous deux un lien particulier, avant de lui remettre une lettre de recommandation pour le collège Seihô.

Le grand sage Ephtal meurt désespéré après avoir échoué à atteindre les sommets de la magie. Mais 400 ans plus tard, il renaît avec tous ses souvenirs et ses pouvoirs intacts ! Dans un monde où la magie est en déclin et où les sorts anciens sont considérés comme des miracles, Ephtal fait irruption dans une prestigieuse académie de magie pour rétablir le véritable art de la sorcellerie.

Dans un monde en proie à des d’effroyables monstres géants connus sous le nom de kaiju, Kafka Hibino aspire à rejoindre un jour les Forces de Défense pour combattre ces terribles créatures. C’était un rêve qu’il avait avec son amie d’enfance, Mina Ashiro, mais leurs chemins ont pris des directions différentes. Aujourd’hui, Kafka nettoie les rues de leurs encombrants cadavres quand il croise la route de Reno Ichikawa. La détermination de Reno à rejoindre les Forces de Défense pousse Kafka à rejoindre Mina afin de protéger l’humanité.