Un tremblement spatial massif dévaste le centre du continent eurasien, ôtant la vie à plus de 150 millions de personnes. 30 ans plus tard, un nouveau tremblement spatial se produit, sous les yeux d’Itsuka Shidô, un simple lycéen pas très doué en histoires de cœur. Il fait alors la rencontre d’une jeune fille qui s’avère être un esprit. Elle est un désastre qui menace l'humanité, un monstre d'origine inconnue, une existence rejetée par le monde. Pour s'en défaire, deux solutions : recourir à la force ou à la séduction. Shidô choisira la deuxième option. Entrez dans une nouvelle ère de drague !

Yachi Haruaki, un jeune lycéen, reçoit un Cube Noir de la part de son père actuellement en voyage. Cette nuit-là, Yachi fut réveillé par d'étranges bruits provenant de la cuisine où il y fera la rencontre d'une voleuse entièrement nue mangeant des biscuits. Cette voleuse est la forme humaine du Cube Noir « maudit » au doux nom de Fear. Ensemble, ils vont essayer de lever la malédiction et lutter contre d'autres objets maléfiques voulant utiliser Fear pour de noirs desseins.

Tout se déroule en 1999 dans une école privée japonaise assez réputée mais hantée par des phénomènes plus étranges les uns que les autres. Suite au décès de son père, Maya,la jeune fille du principale intègre cette école en question. L'histoire se poursuis donc par l'apparition soudaine d'un jeune homme très étrange nommé Uchida qui ce dernier à remonté le temps à partir de 2012.

Après la guerre, Violet Evergarden doit trouver du travail. Meurtrie et hébétée, elle devient rédactrice de lettres pour dénouer son passé et comprendre qui elle est.