Après s'être aventurés dans un lieu sacré interdit, les deux frère et sœur Hinata et Kaoru rencontrent un dieu serpent leur promettant mille tourments. Mais derrière son apparence terrifiante, ils découvrent une créature maladroite, solitaire et étonnamment adorable.

En 2013, à la suite de la dernière grande guerre, la majeure partie de la surface habitable disparut et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le traité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner les six régions restantes. Shion habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No. 6. Il fait partie de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l'âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé le Rat (Nezumi), qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment-là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.

Mitsuha est une lycéenne, la fille du maire d'une petite ville nichée entre les montagnes. Vivant avec sa petite sœur et sa grand-mère, c'est une demoiselle franche qui n'hésite pas à dire qu'elle n'a pas envie de participer aux rituels shinto, ou d'aider son père dans ses campagnes électorales. En fait, elle rêve de pouvoir quitter cette ville où elle s'ennuie, pour partir tenter sa chance à la capitale. Taki est un lycéen, un tokyoïte qui travaille à mi-temps dans un restaurant italien, tout en aspirant à des études d'architecture ou dans les Beaux-Arts. Chaque nuit, il fait un rêve étrange, où il devient… une lycéenne campagnarde, vivant dans une petite ville entre les montagnes. Quel secret se cache derrière ces rêves mutuels, qui unissent ces deux êtres qui ne se sont jamais rencontrés ?