Isolé de par les collines qui l’entourent, le village de Sotoba est véritablement coupé du monde. De ce fait, certains jeunes n’ont qu’une seule envie : quitter la région pour retourner à la ville et goûter aux joies de la modernité. Cependant, au moment où des étrangers viennent occuper l’ancien château abandonné qui surplombe le village, une succession de morts mystérieuses perturbe le calme habituel des environs. En effet, des personnes peu âgées et en parfaite santé semblent tomber subitement en anémie pour finalement mourir quelques jours plus tard. Alors qu’une possibilité de pandémie est supposée, certaines rumeurs répandent l'idée que la cause de tous ces drames pourrait en vérité trouver sa source dans des raisons à la fois obscures et surnaturelles…

Le légendaire forgeron Kiki Shikizaki confectionna mille katana durant son existence, mais seulement douze de ceux-ci ont un réel pouvoir. C'est là que nous retrouvons Togame, stratège de l'actuel shogun. Elle reçut pour mission de retrouver ces douze fameux katana et engagea donc des guerriers ainsi que des ninjas. Mais ceux-ci, aveuglés par la puissance des katana, les gardèrent en leurs mains. C'est alors qu'elle décide de s'allier au maître du style de combat sans épée, le Kyotôryû. Mais elle apprend sa mort de la bouche de son fils et seul héritier du style, Shichika Yasuri…

Les frères Elric (Edward et Alphonse) ont hérité leur talent d’alchimiste de leur père qui a quitté le foyer familial sans jamais revenir.

À la suite de la mort de leur mère, les deux jeunes tentent de la faire revivre grâce à l'alchimie, en faisant une transmutation humaine malgré l'interdit. L'opération échoue et les deux frères en subissent le contrecoup… Al disparaît et Ed perd sa jambe mais sauve son frère privé de son corps en fixant son esprit dans le corps en métal d'une armure médiévale avec un cercle de transmutation tracé avec son sang, mais doit pour cela sacrifier un bras. Par la suite, il utilisera des prothèses mécaniques en métal, les mécagreffes (1er doublage) ou automails (second doublage).

Ed passe ensuite l'examen et devient Alchimiste d'État, afin de pouvoir voyager et trouver la pierre philosophale, pour que son frère et lui retrouvent leur corps.

Dans le futur, quand les améliorations technologiques du corps et la robotique sont devenues une façon de vivre, le Major Motoko Kusanagi et la section 9 s'occupent de missions trop difficiles pour la police. La section 9 emploie des hackers, tireurs d'élite, détectives et cyborgs, dans le but de contrecarrer les cybercriminels et leurs plans visant les innocents.