Une dizaine d'années s'est écoulée depuis les précédents évènements survenus sur Pandora. Jake Sully et Neytiri sont devenus parents. Leur vie idyllique, proche de la nature, est menacée lorsque la « Ressources Développement Administration », dangereuse organisation non-gouvernementale, est de retour sur Pandora. Contraints de quitter leur habitat naturel, Jake et sa famille se rendent sur les récifs, où ils pensent trouver asile. Mais ils tombent sur un clan, les Metkayina, aux mœurs différentes des leurs.

Ray Ferrier est un docker divorcé et un père rien moins que parfait, qui n’entretient plus que des relations épisodiques avec son fils Robbie, 17 ans, et sa fille Rachel, 11 ans. Quelques minutes après que son ex‐femme et l’époux de cette dernière lui ont confié la garde des enfants, un puissant orage éclate. Ray assiste alors à un spectacle qui bouleversera à jamais sa vie…