2071. Suite à un accident survenu sur la Lune, la vie sur la planète Terre est devenue impossible. Les Humains ont dû partir, coloniser d'autres planètes. Cet exode a créé un chaos dans tout l'univers, laissant une totale liberté aux criminels les plus dangereux. Un vrai terrain de jeu pour les chasseurs de primes. Parmi cette clique : le Bebop, un vaisseau spatial abritant Spike Spiegel et Jet...

Dans un futur très proche, un groupe de brillants scientifiques ont créé une machine capable de contrôler nos rêves. Mais cette merveille technologique a été dérobée. Pour éviter le chaos et sauver l'humanité, Paprika doit découvrir qui sont les coupables et empêcher ces terroristes du rêve de contrôler nos esprits.

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du « Puppet Master », un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles…