Neo-Tokyo, Japon, 2020. Sahashi Minato, étudiant de 19 ans vient de rater pour la seconde fois son examen d’entrée à l’université. Alors qu’il rentre chez lui, il rencontre Musubi, charmante jeune fille littéralement tombée du ciel. Celle-ci, attaquée par deux autre jeunes femmes aux pouvoirs surnaturels, est à la recherche de son Ashikabi. En effet Musubi est une Sekirei qui veut participer à un tournoi secret organisé par une étrange multinationale, la MBI, où doivent s’affronter 108 Sekirei et leur Ashikabi. Musubi ne pouvait trouver meilleur partenaire que Minato…

Quand Iori Kitahara part pour l‘université, il décide de s’installer dans la boutique de plongée de son oncle à Izu, Grand Blue. Iori a hâte de vivre la vie d’étudiant parmi le grondement des vagues, le soleil brûlant, et sa cousine qui vit avec lui. Mais Iori tombe sur un groupe de gros bras amateurs de parties de strip pierre-papier-ciseaux, et intègre le club de plongée de la fac, Peek-a-Boo.

Formée dès son plus jeune âge par son père apothicaire, Mao Mao est un jour vendue comme servante au palais de l'empereur. Prisonnière dans les arcanes du pouvoir, elle attire l’attention de Jinshi, un séduisant haut fonctionnaire qui la promeut lorsqu’il découvre son talent pour confectionner des potions. Désormais goûteuse, Mao Mao met ses connaissances au service des gens du palais pour les soigner, mais aussi pour déjouer les mystères et les complots qui se trament...