Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.

Jeune lycéen désabusé, Hôtarô Oreki aspire à mener une vie paisible, loin du tumulte quotidien de son établissement. Sur demande de sa sœur aînée et nourrissant l’espoir d’y trouver un havre de paix, Hôtarô rejoint le club de littérature classique afin d’empêcher sa dissolution, faute de membres. C’est alors qu’il fait la connaissance d’Eru Chitanda, une jeune étudiante pleine d’entrain et d’énergie, dont la curiosité sans bornes l’amène à enquêter sur de multiples affaires.

Au comble de l’excitation, Yui Hirasawa, adolescente pétillante mais maladroite, s’apprête à faire son entrée en seconde. Sous l’impulsion de son amie d’enfance, Nodoka Manabe, elle rejoint le club de musique sur le point d’être dissous, faute de membres. Seule ombre au tableau : Yui ne sait jouer d’aucun instrument. La jeune fille amorce dès lors son apprentissage musical sous l’œil bienveillant de ses nouvelles camarades, Mio, Ritsu et Tsugumi. Un groupe d’un nouveau genre est sur le point de naître !