Mikoto utilise son pouvoir de contrôle sur l'électricité pour aider à maintenir l'ordre dans la Cité Académique, qu'habitent surtout des étudiants psychiquement doués.

L'histoire se centre sur la délicieuse et magnifique cuisine que la famille Emiya déguste chaque jour.

Dans le futur, quand les améliorations technologiques du corps et la robotique sont devenues une façon de vivre, le Major Motoko Kusanagi et la section 9 s'occupent de missions trop difficiles pour la police. La section 9 emploie des hackers, tireurs d'élite, détectives et cyborgs, dans le but de contrecarrer les cybercriminels et leurs plans visant les innocents.

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du « Puppet Master », un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles…