L'histoire commence dans un bâtiment désert par une nuit noire. Une charmante demoiselle, Rin Asogi, est poursuivie avec acharnement par une tueuse féroce. Celle-ci parvient à la faire tomber du toit et le corps de Rin s'écrase en morceau sur le sol.

On retrouve Rin dans une agence de détective privé avec son assistante Mimi qui lui demande de prendre au sérieux son travail et de partir à la recherche du chat égaré d'un client. Alors que Rin est sur le point de le retrouver, ce bête chat ayant été responsable d'un carambolage, elle croise par hasard et sauve Maeno Koki, un jeune homme sur le point d'être enlevé par la mafia. Celui-ci lui fera part de son étrange malaise : il a le sentiment que tout ce qu'il entoure, tout ce qu'il vit est faux et que ses souvenirs ont été fabriqués tellement ils lui semblent artificiels.

À cause d’un terrible accident, Keina Kagami a été placée sous assistance respiratoire. Son seul espace de liberté est le VRMMORPG Leadale. Un jour, l’appareil qui la maintient en vie cesse de fonctionner et Keina s'éteint.

Mais lorsqu'elle se réveille, elle se retrouve dans le monde de Leadale, 200 ans dans le futur. Elle incarne désormais la demi-elfe Cayna et possède des compétences et des statuts oubliés. Elle se rapproche alors des autres habitants de ce monde, notamment des enfants qu’elle avait créés en même temps que son personnage.

Shinichiro est un étudiant qui tente d’écrire une pièce en s’inspirant de son entourage. Un ami de son père étant mort l’année dernière, sa famille a pris sous tutelle sa jeune fille Hiromi qui se trouve être dans la même classe que Shinichiro. Ce dernier est attiré par elle et tente de comprendre pourquoi en sa présence, celle-ci reste renfermée sur elle-même. Cette attention particulière qu’il lui porte entraîne une certaine jalousie de la part de sa mère qu’il ignore complètement. Alors qu’il se ballade autour de son lycée, il fait la connaissance de Noe une jeune fille spéciale qui sépare les gens en deux catégories : ceux qui peuvent voler et ceux qui ne le peuvent pas. Au fil du temps, Shinichiro se rapproche d’elle et devient en quelque sorte son animal de compagnie, apprenant par la suite que Noe tente de « retrouver ses larmes ». Cette nouvelle fréquentation semble cependant déranger les sentiments de Hiromi.

Dans un monde parsemé d'horribles démons se délectant des âmes de leurs innocentes victimes, l'université Shibusen forme des chasseurs de démons, les Meisters. Chaque Meister se voit confier une arme qui a la capacité de prendre forme humaine ; on appelle ces armes des Soul Eaters, car elles se repaissent littéralement des âmes des démons (œufs de Kishin) qu'elles tuent. Une fois qu'un Soul Eater a mangé quatre-vingt-dix-neuf œufs de Kishin, il doit avaler une âme de sorcière afin de prétendre au titre de Death Scythe (« faux de la mort »)… C'est le but que poursuivent la jeune Maka (fille modèle d'une Meister et de son Soul Eater) et sa grande faux Soul, aux apparences de gamin rebelle et dont le but dans la vie est d'être le plus « cool » possible… Ce duo improbable sera bientôt rejoint par d'autres : Blackstar, le ninja égocentrique armé de la pulpeuse Tsubaki (une double-faucille reliée par une longue chaîne), et Death the Kid, le fils du fondateur de l'université Shibusen qui manie les sœurs Thompson lorsque celles-ci prennent la forme de revolvers.

Un an avant le début des aventures d’Aqua et Kazuma, Megumin, en tant que plus grand génie du clan Crimson Magic, consacre chaque instant de sa vie à la poursuite de la plus puissante magie offensive du monde : l’Explosion ! Profitant de l’absence de sa grande sœur, probablement trop occupée à voler la nourriture de Yunyun, Komekko pars en excursion dans les bois et y découvre un mystérieux chaton noir. Ce qu’elle est bien loin d’imaginer, c’est que cette petite boule de poils joue en réalité un rôle majeur dans l’ouverture du tombeau d’un dieu maléfique !