Et s’il était possible de faire en sorte que la douleur des uns soit partagée équitablement avec ses semblables afin d’instaurer la paix dans le monde ? C’est dans cette optique que la ville de Sugomori a mis au point le système Kizna : les membres, triés sur le volet, seront connectés à ce dernier et partageront désormais leur souffrance physique et affective. Katsuhira Akata, un lycéen apathique et insensible aux émotions d’autrui, se voit pourtant sélectionné avec six autres personnes par la mystérieuse Noriko Sonozaki pour devenir un « Kiznaiver ».

Autrefois liés par une amitié indéfectible, Jintan, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, Poppo et Menma formaient un groupe inséparable, jusqu’à ce qu’un sinistre accident les éloigne. Dix ans plus tard, alors qu’il est devenu lycéen, Jintan tente désespérément de réunir ses anciens compagnons pour réparer ce qui a été brisé. Mais pour y parvenir, chacun devra affronter ses propres démons et les fantômes de leur passé…